Cuando despierta, Snake se encuentra en la cima del Metal Gear, junto a Meryl, maniatada a una bomba, y a Liquid, que lo desafía a un encuentro cuerpo a cuerpo. Snake logra derrotar a Liquid, que cae a una gran altura desde la cabeza de REX. Cuando los ataques no producen efecto alguno, aparece Gray Fox y destruye el sensor, no sin antes confesar que él era Garganta Profunda y sacrificar su vida.
